PDB

pdb是最常用的一种存储蛋白质结构的文本文件格式，但是pdb本身又是一个严格的结构化的文本文件，其对应位置的内容为：

列	数据	格式, 对齐	说明
1-4	ATOM	字符, 左	Record Type 记录类型
7-11	serial	整数, 右	Atom serial number 原子序号.PDB文件对分子结构处理为segment, chain, residue, atom四个层次(一般并不用到chain), 因此此数位限定了一个残基中的最大原子数为为99999
13-16	name	字符, 左	Atom name 原子名称.原子的元素符号在13-14列中右对齐一般从14列开始写, 占四个字符的原子名称才会从13列开始写.如, 铁原子FE写在13-14列, 而碳原子C只写在14列.
17	altLoc	字符	Alternate location indicator 可替位置标示符
18-20	resName	字符	Residue name 残基名称
22	chainID	字符	Chain identifier 链标识符
23-26	resSeq	整数, 右	Residue sequence number 残基序列号
27	iCode	字符	Code for insertion of residues 残基插入码
28-30	留空
31-38	x	浮点, 右	Orthogonal coordinates for X in Angstroms 直角x坐标(埃)
39-46	y	浮点, 右	Orthogonal coordinates for Y in Angstroms 直角y坐标(埃)
47-54	z	浮点, 右	Orthogonal coordinates for Z in Angstroms 直角z坐标(埃)
55-60	occupancy	浮点, 右	Occupancy 占有率
61-66	tempFactor	浮点, 右	Temperature factor 温度因子
67-72	留空
73-76	segID	字符, 左	Segment identifier(optional) 可选的片段标识符，VMD会使用此数据
77-78	element	字符, 右	Element symbol 元素符号
79-80	charge	字符	Charge on the atom(optional) 可选的原子电荷，实际分子模拟中往往重新定义电荷，故此列往往不用， VMD写出的PDB文件中无此列.