WFN
wfn 文件最早作为Bader的AIMPAC程序的输入文件出现,AIMPAC是历史最久的AIM分析软件,后来其它的AIM分析软件如 Multiwfn、AIM2000、AIMALL、Morphy、Xaim等等也都需要wfn文件。
Title Card Required
GAUSSIAN 5 MOL ORBITALS 27 PRIMITIVES 5 NUCLEI
C 1 (CENTRE 1) 0.00000000 0.00000000 0.00000000 CHARGE = 6.0
H 2 (CENTRE 2) 1.16740622 1.16740622 1.16740622 CHARGE = 1.0
H 3 (CENTRE 3) -1.16740622 -1.16740622 1.16740622 CHARGE = 1.0
H 4 (CENTRE 4) -1.16740622 1.16740622 -1.16740622 CHARGE = 1.0
H 5 (CENTRE 5) 1.16740622 -1.16740622 -1.16740622 CHARGE = 1.0
CENTRE ASSIGNMENTS 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 2 2 2 3 3
CENTRE ASSIGNMENTS 3 4 4 4 5 5 5
TYPE ASSIGNMENTS 1 1 1 1 1 2 2 3 3 4 4 1 2 3 4 1 1 1 1 1
TYPE ASSIGNMENTS 1 1 1 1 1 1 1
EXPONENTS 0.1722560D+03 0.2591090D+02 0.5533350D+01 0.3664980D+01 0.7705450D+00
EXPONENTS 0.3664980D+01 0.7705450D+00 0.3664980D+01 0.7705450D+00 0.3664980D+01
EXPONENTS 0.7705450D+00 0.1958570D+00 0.1958570D+00 0.1958570D+00 0.1958570D+00
EXPONENTS 0.5447178D+01 0.8245472D+00 0.1831916D+00 0.5447178D+01 0.8245472D+00
EXPONENTS 0.1831916D+00 0.5447178D+01 0.8245472D+00 0.1831916D+00 0.5447178D+01
EXPONENTS 0.8245472D+00 0.1831916D+00
......
MO 3 MO 0.0 OCC NO = 2.0000000 ORB. ENERGY = -0.548298
0.00000000D+00 0.00000000D+00 0.00000000D+00 0.00000000D+00 0.00000000D+00
0.00000000D+00 0.00000000D+00 0.00000000D+00 0.00000000D+00 0.64363172D+00
0.33350218D+00 0.00000000D+00 0.00000000D+00 0.00000000D+00 0.57302486D-01
0.63659475D-01 0.89429130D-01 0.29385384D-01 0.63659475D-01 0.89429130D-01
0.29385384D-01 -0.63659475D-01 -0.89429130D-01 -0.29385384D-01 -0.63659475D-01
-0.89429130D-01 -0.29385384D-01
......
END DATA
THE HF ENERGY = -39.976405845082 THE VIRIAL(-V/T)= 2.00033480格式说明
第 1 行:
Title Card Required- 没有意义,只是文件注释
第 2 行:
GAUSSIAN 5 MOL ORBITALS 27 PRIMITIVES 5 NUCLEI- GAUSSIAN:表示函数类型
- 5 MOL ORBITALS:分子轨道数,wfn中只记录占据轨道,虚轨道不记录
- 27 PRIMITIVES:原始高斯函数的总数目
- 5 NUCLEI:原子数
第 3-7 行:
C 1 (CENTRE 1) 0.00000000 0.00000000 0.00000000 CHARGE = 6.0
H 2 (CENTRE 2) 1.16740622 1.16740622 1.16740622 CHARGE = 1.0
H 3 (CENTRE 3) -1.16740622 -1.16740622 1.16740622 CHARGE = 1.0
H 4 (CENTRE 4) -1.16740622 1.16740622 -1.16740622 CHARGE = 1.0
H 5 (CENTRE 5) 1.16740622 -1.16740622 -1.16740622 CHARGE = 1.0原子信息
原子符号 原子序号 x y z 原子序号,CENTRE=序号,CHARGE=电荷数,原子坐标单位为 波尔第 8-9 行:
CENTRE ASSIGNMENTS 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 2 2 2 3 3
CENTRE ASSIGNMENTS 3 4 4 4 5 5 5每项代表每个高斯函数所在的原子序号。由于一共有 27 个高斯函数,这里也就有 27 项。
第 10-11 行:
TYPE ASSIGNMENTS 1 1 1 1 1 2 2 3 3 4 4 1 2 3 4 1 1 1 1 1
TYPE ASSIGNMENTS 1 1 1 1 1 1 1- 每个高斯函数的类型。wfn文件中一般都是用笛卡尔型高斯函数,这里的数字与类型的对应关系是
- 1 => S、2 => X、3 => Y、4 => Z、5 => XX、6 => XX、7 => XX、8 => XY、9 => XZ、10 => YZ;
- 11 => XXX、12 => YYY、13 => ZZZ、14 => XXY、15 => XXZ、16 => YYZ、17 => XYY、18 => XZZ、19 => YZZ、20 => XYZ;
注意⚠️
生成wfn文件时应注意应使用 6d/10f 型高斯函数而不要用球谐型。
- 第 12-17 行:
EXPONENTS 0.1722560D+03 0.2591090D+02 0.5533350D+01 0.3664980D+01 0.7705450D+00
EXPONENTS 0.3664980D+01 0.7705450D+00 0.3664980D+01 0.7705450D+00 0.3664980D+01
EXPONENTS 0.7705450D+00 0.1958570D+00 0.1958570D+00 0.1958570D+00 0.1958570D+00
EXPONENTS 0.5447178D+01 0.8245472D+00 0.1831916D+00 0.5447178D+01 0.8245472D+00
EXPONENTS 0.1831916D+00 0.5447178D+01 0.8245472D+00 0.1831916D+00 0.5447178D+01
EXPONENTS 0.8245472D+00 0.1831916D+00每个高斯函数的指数,即
中的 。 其中:
是归一化常数; , , 是角量子数分量,决定了轨道的形状(s, p, d, f...) 是指数,决定了高斯函数的“宽度”或“大小”;
第 19-25 行:
......
MO 3 MO 0.0 OCC NO = 2.0000000 ORB. ENERGY = -0.548298
0.00000000D+00 0.00000000D+00 0.00000000D+00 0.00000000D+00 0.00000000D+00
0.00000000D+00 0.00000000D+00 0.00000000D+00 0.00000000D+00 0.64363172D+00
0.33350218D+00 0.00000000D+00 0.00000000D+00 0.00000000D+00 0.57302486D-01
0.63659475D-01 0.89429130D-01 0.29385384D-01 0.63659475D-01 0.89429130D-01
0.29385384D-01 -0.63659475D-01 -0.89429130D-01 -0.29385384D-01 -0.63659475D-01
-0.89429130D-01 -0.29385384D-01
......- 这部分是分子轨道信息,这里表示第三条分子轨道的信息。
- MO 3代表是第3条轨道,也就是它在高斯中的轨道序号。对于闭壳层,这个序号和此轨道在本文件中的序号一致。
- MO 0.0没有任何意义,只是个标签。
- NO = 2.0000000是占据数,这里就是代表有两个电子占据,若是非限制性波函数即为1。若是限制性开壳层计算,高斯会误把单占据轨道占据数写为2,需手动修改为1。
- ORB. ENERGY = -0.548298是轨道能,单位为Hartree。
- 接下来就是分子轨道向这27个高斯函数的展开系数。
注意⚠️
这里的轨道并非一定是分子轨道,如果用后HF方法,并且加了density=current表明用后HF密度,则输出的每个轨道就是自然轨道,其占据数一般不是整数,输出的轨道数目与可独立变分的基函数一致。因为后HF密度的自然轨道没有是否占据之分,只有占据多少之分,每条轨道都对电子密度有贡献,所以所有的自然轨道都会列出。如果是开壳层计算,还应当加上pop=NOAB,这样就会记录自然自旋轨道。
轨道记录顺序是能量由低往高。注意对于自旋轨道,wfn中先按这个次序记录完所有alpha轨道再记录beta轨道。由于第一个beta轨道的能量肯定比最后的alpha轨道的能量低,所以通过检验轨道能量与前一个轨道能量的关系就能判断beta轨道从哪里开始记录。如果是自然自旋轨道,则要判断它与前一个轨道的占据数关系。
wfn中轨道的轨道序号,记录的前后顺序是随意的。高斯函数的顺序也是随意的,只要在类型、所在中心、指数、轨道展开系数段落中的位置对应就行,不会影响结果。
第 27 行:
END DATA其中END DATA代表标准wfn文件要求的全部信息的说明已结束,在此之后允许附加一些信息。第 28 行及之后:
THE HF ENERGY = -39.976405845082 THE VIRIAL(-V/T)= 2.00033480- 这些是附加信息,是随意的。
一般量化程序输出的wfn都会按照这个格式输出能量和维里值。
THE HF ENERGY是体系HF或DFT总能量,如果是后HF方法,这里仍然是HF能量。有的程序还会附上其它一些信息。