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◷ 发表于: 2025-08-15

◷ 更新于: 2025-08-22

🅆 字数: 0

MolStarTrajectoryAnimationxyz

1.可视化轨迹并导出动画

以.xyz 文件为例查看轨迹并导出动画

  1. 通过教程 1 的两种方法(拖拽 / 选择文件)使 .xyz 文件在 Qbics-MolStar 界面显示渲染。

trajectory

  1. 请注意,可查看轨迹的前提是当前您所选取的 .xyz 文件存在多帧信息。

  2. 此处,我们开启 Dynamic Bonds 按钮,以动态观察键连的变化。

trajectory-dynamic-bond

  1. 点击图形界面左上角 Select Animation 按钮,选择不同的轨迹或场景动画演示方式。在此处,我们选择系统默认的 Animate Trajectory 方法(分子模拟轨迹)

trajectory-animation

  1. 点击 Start 按钮,渲染轨迹动画。

trajectory-animation-play

  1. 动画播放效果如下:

trajectory-animation-play

  1. 点击 Qbics-MolStar 界面右下角 Export Animation 按钮实现轨迹导出功能(此处与 Select Animation 按钮下的选择情况一致)。

trajectory-animation-export

  1. 点击 Render 按钮,使 Qbics-Molstar 进行轨迹处理。(若提示 Rendering successful 后,您希望更换当前的处理结果,可以点击下方的 Clear 做清除处理。)

trajectory-animation-export-render

  1. 存在 4 种文件类型可以导出:MP4AVIGIFMKVtrajectory-animation-export-file-type

  2. 确定希望导出的文件类型后,点击 Save Animation 导出结果。 trajectory-animation-save

  3. 此处作为示例,为您展示 GIF 的输出结果。

    • GIF 文件:

trajectory-animation-result

以 .gro + .xtc 文件为例查看轨迹并导出动画


  1. 在 Load Files - Model 部分选择 .gro 文件作为体系的初始结构信息(选择文件的操作步骤详见教程 1)

trajectory-load-model

  1. 在 Load Files - Coordinates 部分选择 .xtc 文件获取模拟过程中的轨迹坐标信息(选择文件的操作步骤详见教程 1)

trajectory-load-coordinates

  1. 点击 Apply 去命令 Qbics-MolStar 渲染轨迹

trajectory-load-apply

  1. 渲染结果如下:

trajectory-gro-xtc-show

  1. 重复本篇教程的上一示例中,关于导出动画的操作流程。

trajectory-gro-xtc-animation-export-render

以蛋白质为例导出动画

  1. 在此处我们以 3KB0 蛋白质为例。

  2. 首先,我们在 PDB Id 位置键入 3KB0, 并点击 Apply 获取蛋白质文件。

download-3KB0

  1. 渲染结果如下:

download-3KB0-show

  1. 针对蛋白质体系,我们在 Animation 选项中选择 Camera Spin(旋转相机视角)来进行动画演示

animation-camera-spin

  1. Export Animation 部分,更改默认 Animate TrajectoryCamera Spin

export-animation-camera-spin

  1. 点击 Render 按钮,使 Qbics-Molstar 实现轨迹渲染

export-animation-camera-spin-render

  1. 根据需要选择对应的文件格式

export-animation-camera-spin-file-type

基于 CC BY-NC-SA 4.0 许可发布