零、文档大纲

Qbics-Molstar 分子可视化平台用户手册

官方网站：https://molstar.szbl.ac.cn/viewer

官方文档：https://molstar.szbl.ac.cn/docs

第三方文档：https://rxht.github.io/molstar/

一、前言

1. 平台简介
2. 适用场景与用途
3. 浏览器与使用环境要求
4. 访问地址与客户端升级说明

二、界面总览

1. 整体布局介绍
2. 顶部工具栏 / 控制区
3. 中央 3D 视图区
4. 右侧功能面板区
5. 底部信息与状态栏
6. 鼠标 / 键盘操作提示区

三、结构加载与导入

1. 上传本地结构文件（PDB、CIF、MOL2 等）
2. 本地结构文件拖入加载
3. 点击Parse按钮从剪切板加载结构
4. 从 PDB ID 在线加载结构
5. smiles 输入结构加载
6. 图片识别结构加载
7. 2D 结构绘制与一键转 3D 功能（Ketcher 工具）
8. 同时上传本地Model文件与Coordinates文件
9. 多结构同时加载与管理
10. 结构加载失败排查与常见问题

四、3D 视图基础操作

1. 旋转、平移、缩放操作
2. 居中、重置视图
3. 背景、颜色主题切换

五、结构显示样式控制

1. 常用显示模式（卡通、球棍、线条、表面、范德华球等）
2. 按链、残基类型、元素着色
3. 状态树层级显示、隐藏与删除
4. 自定义标签显示 / 多种显示模式
5. 更新材质显示模式设置（补充操作）

六、结构选择与测量

1. 不同的粒度选择操作（原子、残基、链、配体）
2. 框选选择结构（原子、残基、链、配体）
3. 使用脚本/自然语言选择结构并创建 Representation
4. 距离、角度、二面角的测量与标注

七、结构分析与高级显示

1. 分子轨道图 / 分子轨道波函数计算
2. 结构优化
3. 过渡态分析
4. 结构振幅分析

八、结构编辑与操作

1. 进入/退出编辑模式
2. 工具栏功能详解
3. 核心编辑流程
4. 编辑:使用快捷元素功能
5. 编辑:使用分子片段功能
6. 编辑:使用键型功能
7. 编辑:使用键角度功能
8. 编辑:使用键二面角功能

九、数据导出与导入

1. 导入/导出 Representation【渲染格式刷】
2. 导出 Animation
3. 导出 Atom Index Range
4. 导出 Geometry
5. 导出 Model
6. 导出图片

十、Qbics AI 功能与操作【实验功能】

1. 基础操作
2. 生成Qbics的输入文件 *.inp
3. 获取分子性质
4. 显示分子轨道
5. 下载分子结构文件
6. 执行VMD命令

十一、快捷键与常用操作技巧

1. 操作速查表
2. 键盘快捷键汇总
3. 高效查看与分析小技巧

十二、常见问题与故障排除

1. 3D 视图操作类问题
2. 结构选择类问题
3. 显示与样式类问题
4. 测量与标注类问题
5. 多结构叠加（Superposition）类问题
6. 导出类问题
7. 通用故障排查（必看）

十三、附录

1. 支持文件格式列表
2. 术语说明
3. 相关资源与参考文档