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◷ 发表于: 2025-10-29

◷ 更新于: 2025-10-30

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MolStarVmdPymolJmol

3. 选择原子、显示编号、以及多种渲染方式

选择原子

Qbics-MolStar可以添加任意多个渲染方式,在有的软件中称为representation,在Qbics-MolStar中称为component。可以在分子中,选择一部分原子来进行渲染。

“选择原子”的方式在Qbics-MolStar中非常强大。在 State Tree 中点击右键,选择 Add Component ,你可以在 Language 中看到多种选择原子的方式:

  • Mol Script
  • Pymol
  • Vmd
  • Jmol

multiple-rendering-language-select.webp

只要你会这四种软件的选择方法的任一种,就可以利用这方面的语法来选择原子。

下面展示:

  1. 打开Qbics-MolStar,在 Download Structure 中选择 PubChem,输入 2244,点击 Apply,就可以从 PubChem 中下载2244号化合物的分子坐标:

multiple-rendering-2244.webp

  1. 在状态中的 All 点击右键,选择 Add Component ,选择 Vmd,在 Selection 中输入 element H,就可以选中所有的氢原子,再在 Representation 中选择 Spacefill,点击 Apply,就可以把这些氢原子以 Spacefill 形式显示:

multiple-rendering-add-component.webp

  1. 如果想修改 Representation,可以右击 Spacefill,选择 Update Decorator 进行修改。

multiple-rendering-update-decorator.webp

显示编号

显示出原子编号是个很方便的功能,在状态中点击右键,选择 Add Component,选择 Vmd,在 Selection 中输入 all,在 Representation 中选择 Label 点击 Add Component,就可以显示出原子编号:

multiple-rendering-add-component-label.webp

当然,如果在 Selection 中输入其它选择原子的语法,就可以显示出所选原子的编号。

多种渲染方式

Qbics-MolStar可以添加任意多个渲染方式,下面以一个蛋白质为例。

  • 打开Qbics-MolStar,在 Download Structure 中选择 PDB,输入 1tqn,点击 Apply,就可以从 PDB 中下载1tqn号蛋白质的分子坐标:

multiple-rendering-download-structure.webp

  • 此时,Qbics-MolStar已经默认添加了很多合适的渲染方式。我们现在想选择残基编号为 75-85 的原子,使之用 Ball and Stick 方式显示,可以这样做:右键点击 Assembly 1,选择 Add Component,选择 Vmd,在 Selection 中输入 resi 75 to 85,在 Representation 中选择 Ball & Stick,点击 Add Component,就可以把这些原子以 Ball and Stick 方式显示:

multiple-rendering-add-component-ball-stick.webp

  • 如果想只看这一部分,可以点击其 Component 上的眼睛按钮,使之不显示:

multiple-rendering-see.webp

如果想删除,就可以点击垃圾桶按钮。

  • 如果想修改Component,可以右键点击Component,选择 Update Decorator 进行修改。点击三个点的图标,可以更加精细的修改显示方法,例如透明度等

multiple-rendering-options.webp

基于 CC BY-NC-SA 4.0 许可发布