Qbics-Molstar 结构优化: LBFGS

前置条件

进入 Qbics-Molstar 官方网站 或下载 Qbics-Molstar 客户端 并运行 Qbics-Molstar 客户端。

打开本地文件

提示

如需查看具体如何打开本地文件可查看文档 安装与使用教程 - 本地文件、PDB 与 SMILES 可视化

将下方的 react.xyz 文本保存到本地的 react.xyz 文件，打开 Qbics-Molstar 后使用 Load Files 功能加载本地的 react.xyz 文件。

react.xyz

7
OH
  C           0.82606574148010      0.55086039108041     -0.12617945891172
  H           0.45544459832603      1.24175134345121     -0.87843176681328
  O           0.56807530830522      1.02465144289647      1.11874348469907
  C           1.44110985840975     -0.58736037739486     -0.43636137324384
  H           0.90990913730383      0.39323174998265      1.76663207206389
  H           1.59168346964402     -0.85929296968553     -1.47418858923956
  H           1.80895345653104     -1.27347474033034      0.32372445144544

编辑结构

1. 击主界面中的按钮，打开 Qbics-Molstar 的编辑功能。
2. 点击按钮切换到 biological 部分的结构片段，在主界面的右侧将会显示对应的 3D 模型

3. 点击 index 为 2 的 氢原子，如下图所示：

4. 得到新的结构后点击按钮关闭 Editor 模式

结构优化

1. 在左侧的 State Tree 面板中，在 react.xyz 树层级上点击鼠标右键，如下图：

2. 点击鼠标右键中的 Structure Optimization: (LBFGS) 选项，并在在弹窗中选择 自动参数（默认） 或 手动修改参数，最后点击 Apply 按钮，如下图所示：

提示

Structure Optimization: (LBFGS) 功能为异步功能，用户点击 Apply 后可进行其他操作，等待计算完成后将会自动加载并显示最终的结果。

注意⚠️： 不能删除原本的文件或清空内容，否则计算结果将会丢失。

3. 等待计算完成后结果将会自动加载，可以使用动画功能查看轨迹帧的最后一帧，最后一帧即是优化的最终结果。

提示

如需查看具体如何使用动画功能可查看文档 可视化轨迹并导出动画

最终结果

结构优化的操作过程与最终结果如下动图所示：