PQR
PQR 是对 PDB 格式的改进，允许用户在现有 PDB 数据中添加电荷和半径参数，同时保持其格式与标准分子图形程序兼容。PQR 格式的起源尚不完全清楚，但已被包括 MEAD 和 AutoDock 在内的多种计算生物学软件程序所采用。UHBD 使用了一种非常相似的格式，称为 QCD。
所有字段均以空格分隔，而非 PDB 格式规定的严格列格式。这种更宽松的格式允许坐标值大于/小于 ± 999 Å。APBS 使用以下格式逐行读取 PQR 文件中的数据：
txt
Field_name Atom_number Atom_name Residue_name Chain_ID Residue_number X Y Z Charge Radius字段说明
Field_name: 指定 PQR 条目类型的字符串，该字符串应为 ATOM 或 HETATM
Atom_number: 原子序号，用于唯一标识原子
Atom_name: 原子名称
Residue_name: 残基名称
Chain_ID: 链ID
Residue_number: 残基序号
X、Y、Z: 原子坐标（单位为埃）
Charge: 提供原子电荷（以电子为单位）的浮点数
Radius: 提供原子半径（单位为埃）的浮点数
示例
ATOM 1 N MET 1 -32.720 20.688 -51.977 -0.7444 2.0000
ATOM 2 CA MET 1 -32.361 19.368 -51.416 -0.1076 2.0000
ATOM 3 C MET 1 -31.448 19.614 -50.224 0.6537 1.7000
ATOM 4 CB MET 1 -31.680 18.507 -52.495 -0.4773 2.0000
ATOM 5 O MET 1 -30.297 19.964 -50.429 -0.6327 1.4000
ATOM 6 CG MET 1 -32.688 18.044 -53.557 -0.5589 2.0000
ATOM 7 SD MET 1 -31.961 17.619 -55.158 0.1893 1.8500
ATOM 8 CE MET 1 -31.069 16.091 -54.754 -0.7401 2.0000
ATOM 9 H MET 1 -33.040 20.575 -52.916 0.4560 0.0000
ATOM 10 HA MET 1 -33.193 18.939 -51.092 0.2548 0.0000
ATOM 11 HB2 MET 1 -30.974 19.045 -52.944 0.2431 0.0000
ATOM 12 HB3 MET 1 -31.282 17.702 -52.067 0.2542 0.0000
ATOM 13 HG2 MET 1 -33.211 17.242 -53.168 0.2303 0.0000
ATOM 14 HG3 MET 1 -33.400 18.786 -53.664 0.1926 0.0000
ATOM 15 HE1 MET 1 -31.146 15.459 -55.521 0.2364 0.0000
ATOM 16 HE2 MET 1 -30.111 16.310 -54.587 0.2271 0.0000
ATOM 17 HE3 MET 1 -31.473 15.686 -53.937 0.2190 0.0000
ATOM 18 H2 MET 1 -33.445 21.098 -51.425 0.4558 0.0000
ATOM 19 H3 MET 1 -31.918 21.283 -51.968 0.4560 0.0000
TER
END