Qbics-MolStar

基于开源 MolStar 的增强编辑器版本，集成了 MultiWfn、xTB、Ketcher、Maple、Openbabel 等计算化学工具链，支持 60+ 种文件格式 的在线/桌面端分子可视化与分析。

相关资源导航

TIP

后续文档说明会持续更新至 官方文档站，最新功能会同步到 在线 Viewer。

类型	链接	说明
🌐 官方网站	molstar.org	MolStar 开源项目主页
📖 官方文档	molstar.org/docs	MolStar 官方开发文档
🤖 AI 生成文档	deepwiki.com/molstar/molstar	由 AI 自动生成的架构与 API 文档
🖥️ 在线编辑器	molstar.szbl.ac.cn/viewer	Qbics-MolStar 带编辑器版本（Web）
💻 桌面客户端	molstar.szbl.ac.cn/download	Windows / Linux / Android 客户端下载
📚 使用手册	molstar.szbl.ac.cn/docs	Qbics-MolStar 用户手册与基础教程
📝 功能介绍	zhjun-sci.com/qmolstar.html	第三方功能介绍与说明

Logo 资源

Logo	用途
	Logo
	图标版本

核心功能一览

编辑与分析

功能模块	说明
✏️ 结构编辑	添加/删除原子、编辑键长/键角/二面角、旋转平移原子片段
📏 几何测量	原子距离、键角、二面角测量，支持轨迹趋势图
🧮 MultiWfn 集成	分子表面定量分析、NCI 分析、波函数分析
⚡ xTB 计算	结构优化（LBFGS）、过渡态搜索（NEB/PRFO）、频率分析
🗺️ Maple 功能	结构优化、过渡态搜索、振幅分析
🔬 分子轨道	绘制轨道能级图、显示 α/β 轨道等值面
📐 RMSD 分析	轨迹 RMSD 趋势计算与展示
🧩 点群检测	自动检测分子点群对称性
📦 PBC Box	周期性边界盒子，支持调整大小和位置
🔌 WebMCP	支持外部 Agent 接入（webmcp / skills 双模式）

表现与导出

• 快照导出：批量导出高质量图片（支持轨迹逐帧）
• 动画录制：播放/暂停动画，导出视频文件到本地
• 文件互转：60+ 格式之间互转（如 xyz → pdb → mol2）
• Ketcher 集成：2D 结构式绘制，SMILES → 3D 结构

支持的文件格式（60+ 种）

坐标与结构文件

格式	扩展名	说明
PDB	.pdb .ent	蛋白质结构数据库经典格式
mmCIF	.cif .mmcif .mcif .bcif	PDB 官方主存档格式
PDBQT	.pdbqt	AutoDock 对接格式
PDBML	.xml	PDBML 格式
PQR	.pqr	带电荷半径的 PDB
XYZ	.xyz .txt	简单坐标格式，支持多帧轨迹
GRO	.gro	GROMACS 坐标文件
MOL/SDF	.mol .sdf .sd	MDL 化学结构格式
MOL2	.mol2	Tripos 分子格式（含力场信息）
PSF	.psf	CHARMM/NAMD 拓扑文件
Amber 拓扑	.prmtop .parm7 .top	Amber 力场拓扑

量子化学格式

格式	扩展名	说明
波函数	.wfn .wfx .mwfn	波函数文件
Molden	.molden	Molden 格式（轨道/频率）
Gaussian	.fch .fchk .log .out .gjf .inp	Gaussian 输入/输出/检查点
NBO	.47	NBO 分析结果文件
ORCA	.out	ORCA 输出文件

轨迹文件

格式	扩展名	说明
LAMMPS	.lammpstrj .data	LAMMPS 轨迹/数据文件
DCD	.dcd	CHARMM/NAMD 轨迹
XTC	.xtc	GROMACS 压缩轨迹
TRR	.trr	GROMACS 全精度轨迹
NetCDF	.nc .nctraj	Amber NetCDF 轨迹
Amber	.mdcrd .rst7	Amber 坐标/重启文件
H5MD	.h5md	HDF5 分子动力学格式

体积与密度数据

格式	扩展名	说明
CCP4/MRC	.ccp4 .mrc .map	电子密度图（Cryo-EM/X-ray）
DSN6/BRIX	.dsn6 .brix	预计算密度图
OpenDX	.dx .dxbin	通用体数据格式
CUBE	.cube .cub	格点标量场
DAT	.dat	自定义标量场（gnuplot 兼容）
MTZ	.mtz	CCP4 反射数据

其他格式

格式	扩展名	说明
图像识别	.png .jpg .jpeg	拖入图片识别为结构数据
3D 模型	.ply .obj .vtp	通用 3D 网格格式
粗粒化	.xml	XML 粗粒化拓扑
RXH	.rxh	含键连信息的紧凑坐标格式
SMILES	.smi	结构式表示
压缩包	.zip	压缩文件（支持批量加载）
化学绘图	Ketcher 内建	2D → 3D 结构生成

快速开始

方式一：Web 在线使用

1. 打开 https://molstar.szbl.ac.cn/viewer/
2. 点击 Load Files 或直接 拖拽文件 到窗口
3. 支持同时拖入：坐标文件 + 轨迹文件 + 密度图 + 图片
4. 使用工具栏调整显示样式、测量、编辑

方式二：桌面客户端

平台	安装包	大小	说明
Windows 10+	64-bit EXE	~150 MB	标准安装版
Windows 10+	免安装版	~200 MB	解压即用
Windows 10+	精简版	~7 MB	需联网加载资源（Ctrl+Shift+R 强刷）
Linux (Debian)	64-bit DEB	~110 MB	标准安装包
Linux (Debian)	免安装版	~430 MB	解压即用
Linux (Debian)	精简版	~9 MB	需联网加载资源
Android	APK	~2 MB	移动端版本

💡 升级提示：无需重复下载！在工具栏点击 About → Check Update 即可完成版本升级。 💡 重要提示：首次使用建议先点击一次 Check Update。

常见使用场景

场景 1：查看蛋白质结构

1. 打开 Viewer → Download Structure → 输入 PDB ID（如 1TQN）
2. 默认 Cartoon 表示自动加载
3. 右侧 Sequence 面板可点击残基定位
4. 右键原子 → 添加测量 / 显示环境

场景 2：播放 MD 轨迹

1. 拖入 .gro + .xtc（或 .dcd / .trr）
2. 打开左上角动画播放控制器
3. 点击播放 ▶ 或拖动滑块切换帧
4. 使用 Measurements 面板记录几何量随时间的演变

场景 3：查看分子轨道（mwfn 文件）

1. 拖入 .mwfn 文件（含分子轨道数据）
2. 右侧轨道列表选择目标轨道（HOMO/LUMO 等）
3. 调整 Isovalue 滑块控制等值面阈值
4. 可叠加显示 Cartoon + 轨道等值面

场景 4：结构编辑与格式转换

1. 打开坐标文件 → 点击编辑按钮 ✏️
2. 选择原子 → 修改键长/键角/二面角
3. 旋转/平移选中的原子片段
4. 导出 → 选择目标格式（如 .pdb / .mol2 / .xyz）

WebMCP：让 AI Agent 操控 MolStar

Qbics-MolStar v0.2.14 新增 WebMCP 功能，允许外部 AI Agent 通过标准协议连接并操控 Viewer：

能力	说明
🔗 连接方式	支持 webmcp 协议接入 + skills 方式接入
📂 文件操作	打开本地文件 / 加载 URL 文件 / 导出文件到本地
🧬 结构获取	获取原子坐标 / 指定帧坐标 / 当前文件列表
📊 分析功能	获取振动频率 / 测量距离键角二面角 / RMSD
⚡ 计算调用	调用 xTB 优化 / MultiWfn 分析
🎬 动画控制	播放 / 暂停 / 导出动画
🎨 视觉控制	切换球棍/球模型 / 编辑结构 / 调整相机参数

这让 MolStar 不仅是一个可视化工具，更成为 AI for Science 工作流中的可程序化组件。

技术架构

Qbics-MolStar 基于以下开源项目构建：

项目	角色
MolStar	核心 3D 可视化引擎（WebGL/TypeScript）
MultiWfn	波函数分析与电子结构计算
PdbTop	PDB 拓扑处理
FFmpeg	动画视频编码
OpenBabel	化学格式互转
Mokit	量子化学接口工具
MAPLE	分子建模与势能面分析
Ketcher	2D 化学结构编辑器

相关链接汇总

• 🌐 MolStar 官网
• 📖 MolStar 官方文档
• 🤖 DeepWiki - MolStar
• 🖥️ Qbics-MolStar 在线 Viewer
• 💻 Qbics-MolStar 下载页
• 📚 Qbics-MolStar 文档站