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◷ 更新于: 2026-05-20

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MolStar用户手册分子可视化Qbics AI 功能与操作【实验功能】

十、Qbics AI 功能与操作【实验功能】

Qbics-Molstar 分子可视化平台用户手册

官方网站:https://molstar.szbl.ac.cn/viewer

官方文档:https://molstar.szbl.ac.cn/docs

第三方文档:https://rxht.github.io/molstar/

Qbics AI 是一个基于Molstar分子可视化平台的智能助手,可帮助用户更便捷地进行分子分析和可视化操作,无需手动编写复杂指令或脚本,大幅提升分子研究的便捷性与效率。其核心支持生成计算输入文件、获取分子性质、显示分子轨道三大核心功能,具体操作步骤如下:

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1. 基础操作

Qbics AI 对话弹窗支持多项便捷操作,提升使用体验,具体说明如下:

  • 新建对话:点击弹窗右上角的 「+」图标,可清空当前对话历史,开启全新对话,避免历史对话内容干扰新指令的提交与回复;

  • 全屏模式:点击弹窗右上角的 「全屏」图标,可将对话弹窗放大至全屏,便于查看长文本回复、复杂的.inp文件内容;

  • 关闭弹窗 :点击弹窗右上角的 「×」图标,可关闭Qbics AI对话弹窗,不影响Molstar平台的正常操作及分子结构的显示;

  • 历史记录:对话弹窗会自动保存当前对话历史,关闭弹窗后再次打开,可继续查看之前的指令与回复,无需重复输入。

注意事项

  • 若发送指令后,加载提示消失且无任何反应,可能是出现了 对话不存在网络问题,请先检查网络连接是否正常,若网络正常,点击弹窗右上角的 「+」图标 创建新对话后,再次尝试发送指令;

  • 若Qbics AI的回复中包含 错误信息,请检查输入的问题或指令是否准确(如分子名称、计算参数、指令表述是否清晰),修改后重新发送;若仍出现错误,可联系管理员处理;

  • 该功能为【实验功能】,可能存在部分兼容性问题,若出现弹窗无法打开、指令无法发送等异常,可重启Molstar平台后重试;

  • 获取分子性质,必须确保目标分子结构文件已正常加载并渲染,否则 Qbics AI 无法提取分子数据,将无法返回有效回复;

  • 请勿频繁发送重复指令,避免导致系统卡顿或回复延迟,若指令发送后长时间无响应,可关闭弹窗重新打开后重试;

  • 生成的.inp文件建议下载后保存至指定路径,便于后续查找和使用,避免因清理对话历史导致文件丢失。

2. 生成Qbics的输入文件 *.inp

该功能可根据用户输入的计算需求,自动生成符合Qbics平台规范的.inp格式输入文件,适用于能量优化、分子动力学模拟等各类计算任务,无需用户手动编写复杂的计算参数脚本。

  • 打开 Molstar 分子可视化平台,确保平台正常加载,无界面异常;

  • 点击界面右下角的 Qbics AI 悬浮球按钮,弹出Qbics AI对话弹窗;

  • 在对话弹窗的输入框中,输入您的计算问题或指令,支持中文、英文两种语言,指令描述越具体,生成的输入文件越精准;

    • 中文示例:对乙烯做能量优化的计算对苯酚,基组为def2-TZVP做能量优化计算对甲烷进行分子动力学模拟,模拟时长10ns

    • 英文示例:Energy optimization calculation for ethyleneMolecular dynamics simulation of formaldehydeEnergy optimization of phenol with def2-TZVP basis set

  • 输入完成后,点击输入框右侧的发送按钮(纸飞机图标),或使用快捷键 Shift + Enter 发送您的问题或指令;

  • 等待Qbics AI处理您的请求,处理时间根据指令复杂度有所差异,请勿频繁发送重复指令;

  • 查看Qbics AI的回复,回复中会包含生成的.inp文件,支持复制文件内容,可直接用于Qbics平台的计算任务提交。

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2. 获取分子性质

该功能可快速提取已加载分子结构的性质信息,无需用户手动分析计算,支持获取分子的电子性质、化学性质、热力学性质、物理性质等,为分子分析提供便捷支持。

  • 打开 Molstar 分子可视化平台,确保平台正常加载;

  • 通过“打开文件”或拖拽文件的方式,加载目标分子结构文件,确保分子结构正常渲染,无数据缺失、显示异常;

  • 点击界面右下角的 Qbics AI 悬浮球按钮,弹出Qbics AI对话弹窗;

  • 在对话弹窗的输入框中,输入您的问题或指令,核心指令为 分子性质

  • 输入完成后,点击输入框右侧的发送按钮(纸飞机图标),或使用快捷键 Shift + Enter 发送您的问题或指令;

  • 如果当前打开了多个文件这会弹出一个选择框,用户需要选择要获取性质的分子文件,否则会默认选择当前加载的分子文件;

  • 等待Qbics AI处理您的请求,处理完成后,回复中会清晰列出分子的各项性质信息,便于查看和使用;

  • 查看Qbics AI的回复,若需进一步获取某一具体性质的详细信息,可在输入框中补充提问。

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3. 显示分子轨道

该功能可将已加载分子结构的电子轨道可视化展示,帮助用户理解分子的电子结构和电子分布,为分子分析提供辅助支持,操作步骤如下:

  • 打开 Molstar 分子可视化平台,确保平台正常加载;

  • 通过 “打开文件” 或拖拽文件的方式,加载目标 带有分子轨道 的分子结构文件(如本案例中的ch2o-s.mwfn),确保分子结构正常渲染,无数据缺失、显示异常;

  • 点击界面右下角的 Qbics AI 悬浮球按钮,弹出Qbics AI对话弹窗;

  • 在对话弹窗的输入框中,您可以输入如下指令:

    • 显示分子轨道显示HOMO显示LUMO显示轨道HOMO
  • 输入完成后,点击输入框右侧的发送按钮(纸飞机图标),或使用快捷键 Shift + Enter 发送您的问题或指令;

  • 等待Qbics AI处理您的请求,处理完成后,会自动在Molstar平台中显示对应的分子轨道。

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4. 下载分子结构文件

该功能可根据用户指令,将指定分子结构文件下载并加载到Molstar分子可视化平台中,无需手动导入文件,方便后续开展分子分析和相关操作。

  • 打开 Molstar 分子可视化平台,确保平台正常加载;

  • 点击界面右下角的 Qbics AI 悬浮球按钮,弹出Qbics AI对话弹窗;

  • 在对话弹窗的输入框中,您可以输入如下指令:

    • 显示苯酚显示苯甲醇显示紫杉醇显示乙醇
  • 输入完成后,点击输入框右侧的发送按钮(纸飞机图标),或使用快捷键 Shift + Enter 发送您的问题或指令;

  • 等待Qbics AI处理请求,处理完成后,会自动将对应分子结构文件下载并加载到Molstar平台中,同时显示分子结构,无需额外操作。

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5. 执行VMD命令

该功能可将指令中的自然语言转换为VMD命令,并自动执行到Molstar平台中,无需用户手动编写复杂的MD脚本,提升操作便捷性。

  • 打开 Molstar 分子可视化平台,确保平台正常加载;

  • 通过“打开文件”或拖拽文件的方式,加载目标分子结构文件,确保分子结构正常渲染,无数据缺失、显示异常;

  • 点击界面右下角的 Qbics AI 悬浮球按钮,弹出Qbics AI对话弹窗;

  • 在对话弹窗的输入框中,您可以输入如下指令:

    • 显示前4个原子显示后4个原子显示水原子显示残基 ALA
  • 输入完成后,点击输入框右侧的发送按钮(纸飞机图标),或使用快捷键 Shift + Enter 发送您的问题或指令;

  • 等待Qbics AI处理请求,处理完成后,会自动在Molstar平台中显示对应的VMD查询结果。

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基于 CC BY-NC-SA 4.0 许可发布